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올리고 멜팅 온도(Tm) 계산기

두 가지 보완적인 공식을 사용하여 DNA 올리고의 Tm을 추정합니다. Wallace 법칙(4·(G+C) + 2·(A+T))은 짧은 프라이머(<18 nt)에 빠르고 정확하며, 최근접 이웃 모델은 공인된 매개변수 집합을 사용하며 더 긴 올리고에 적합합니다. 둘 다 기본값이 아닌 나트륨 농도를 반영합니다.

DNA와 RNA v1.0.0

계산기

입력값

DNA 염기만(A, C, G, T), 5–70 뉴클레오타이드.

서열을 입력하고 계산하여 융해 온도를 확인하세요

이 계산에 대해

무엇을 하는 계산인가

Tm is the temperature at which half the oligo is single-stranded and half is base-paired with its perfect complement. Below Tm the duplex is favoured; above it, the strands separate. PCR annealing temperatures are set a few degrees below Tm.

왜 사용하는가

A working annealing temperature is the difference between a clean band and a smear. The Wallace rule is a quick estimate for short primers; the nearest-neighbour model accounts for sequence context and is the better choice for oligos longer than ~18 nt.

이 계산기가 필요한 이유

Both formulas are short, but the salt correction and the choice between methods are easy to slip. The calculator shows the Wallace value, the nearest-neighbour value, and the salt-adjusted versions side by side, so the right number is obvious before you run the PCR.

주요 전제

  • The oligo is DNA (RNA needs a different parameter set, not provided here).
  • The sodium concentration is the monovalent cation concentration in your reaction.
  • The oligo has no modified bases or labelled dyes with their own Tm shift.

한계

  • Tm estimates ignore DMSO, betaine, or other PCR additives that change duplex stability.
  • The nearest-neighbour parameters are an average across conditions; mismatch prediction requires dedicated software.
  • Hairpins and self-dimers can dominate real annealing behaviour for some sequences — use a dedicated tool for those.

계산 결과 항목

융해 온도(Tm) °C
Estimated temperature at which half of the duplexes are dissociated.
길이 nt
Number of nucleotides in the sequence.
GC 함량 %
Percentage of G and C bases in the sequence.

자주 묻는 질문

  • 올리고뉴클레오타이드의 융해 온도(Tm)란 무엇인가요?

    Tm은 DNA 이중나선의 절반이 단일가닥으로 풀리는 온도입니다. 길이와 염기 조성에 따라 달라지며, G·C 쌍이 A·T 쌍보다 안정성에 더 기여합니다. 이 계산기는 5~70 nt 서열에서 tm값을 ℃로 추정하고 길이와 GC 함량을 함께 표시합니다.

  • 올리고 Tm 계산기는 어떻게 사용하나요?

    A, C, G, T 염기만 사용해 5~70 뉴클레오타이드의 단일가닥 DNA 서열을 입력하면 대소문자를 구분하지 않습니다. 계산기는 융해 온도, 길이, GC 백분율을 반환하고 올리고 길이에 따라 식을 자동으로 선택합니다. 모호성 코드나 70 nt를 넘는 서열은 추정하지 않고 거부합니다.

  • 이 계산기는 어떤 공식을 사용하며 왜 13 nt에서 전환되나요?

    13 nt 이하의 올리고는 Wallace 법칙을 씁니다. 짧은 프라이머용 2+4 규칙으로, A/T당 2℃, G/C당 4℃를 더합니다. 13 nt를 넘어 최대 70 nt인 올리고는 길이와 GC 함량을 반영하는 기본 GC 공식 64.9 + 41 × (G+C − 16.4) / 길이를 사용합니다. 단순한 Wallace 계산은 올리고가 길어질수록 정확도가 떨어지므로 경계에서 자동으로 전환됩니다.

  • 융해 온도와 어닐링 온도의 차이는 무엇인가요?

    Tm은 올리고 이중나선 자체의 특성으로, 그 절반이 풀리는 온도입니다. 어닐링 온도는 PCR에서 프라이머 결합을 위해 서모사이클러에 실제로 설정하는 온도로, 보통 프라이머 Tm보다 몇 도 낮게 잡습니다. 이 계산기는 tm값만 제공하며 특정 프로토콜의 어닐링 온도는 계산하지 않습니다.

  • 실측 Tm이 이 계산기의 값보다 높게 나오는 이유는 무엇인가요?

    Wallace 법칙과 기본 GC 공식 모두 올리고 약 50 ng/µL, 낮은 1가 양이온, pH 약 7의 표준 분석 조건에서 구한 경험적 추정치이며 염 보정은 하지 않습니다. 일반적인 PCR 염 조건, 예컨대 K⁺ 50 mM에서는 실제 Tm이 이 공식들이 알려주는 값보다 몇 도 높습니다. 두 공식 모두 최근접 이웃 열역학이 아니고 2차 구조를 모델링하지 않으므로, 중요한 설계라면 최근접 이웃 도구나 구배 PCR로 검증하세요.

연구 및 교육 용도로만 사용하십시오. 임상 진단이나 의료 결정에 사용할 수 없습니다. 중요한 작업에 사용하기 전에 항상 계산 결과를 독립적으로 확인하십시오.