Cos’è questo sito
Tredici calcolatrici pubblicate si distribuiscono in nove categorie: diluizione e concentrazione, biologia molecolare, DNA e RNA, proteine, coltura cellulare, conversione di unità, pratica di laboratorio, pianificazione sperimentale e dati di riferimento. Accanto a loro ci sono tre spazi di lavoro invece di singoli calcoli: un pianificatore di piastre a 96 pozzetti, un registro di inventario dei reagenti e un insieme di tabelle di riferimento i cui valori citano le fonti.
Tutto è gratuito, nulla è chiuso dietro un login, e nessuno strumento è marcato come anteprima o come segnaposto. Il sito è un insieme di pagine servite al tuo browser; non c’è un server che ti modelli.
Perché esiste
Gran parte di questa aritmetica è nota. A un tecnico che ha eseguito diluizioni seriali per un anno non serve che gli si dica cosa dice C₁V₁ = C₂V₂. Ciò che stanca, e ciò che va storto alle quattro del pomeriggio con una provetta in mano, è riderivare tutto: il fattore che andava invertito, l’unità che è cambiata in silenzio, il volume che sulla carta andava bene ed è impossibile in un pozzetto.
BiomeBench esiste per rendere noioso quello strato. Non cerca di sostituire il giudizio su un esperimento; cerca di togliere la piccola incertezza aritmetica che gli sta sotto.
Metodi in superficie, non nascosti
Ogni calcolatrice dichiara la relazione che applica, le assunzioni su cui si regge e i limiti della propria validità, nella stessa pagina del suo risultato. Ogni strumento ha un pannello per questo. La letteratura da cui una formula è tratta è citata e non solo suggerita, e le unità sono mostrate e non date per scontate, perché un numero la cui unità è invisibile è un numero che nessuno può verificare.
Questa è una posizione progettuale, non una cortesia. Uno strumento che non vuole mostrare il suo metodo ti chiede fiducia, e la fiducia è lo strumento sbagliato al banco di lavoro.
Come viene controllata l’aritmetica
Oltre ai test ordinari, il progetto mantiene due suite di verifica che ricalcolano dai primi principi gli output delle calcolatrici e le assegnazioni sulla piastra, con una rotta numerica deliberatamente diversa — dato che lo stesso errore di trascrizione non può acchiappare sé stesso — e confrontano le due entro una tolleranza dichiarata. Queste suite sono escluse, dal loro stesso controllo delle fonti, dall’importare il codice che verificano.
Va detto con chiarezza cosa questo stabilisce e cosa no. Stabilisce che due implementazioni indipendenti di un modello documentato concordano entro una tolleranza. Non stabilisce che il modello sia corretto per il tuo saggio, e non è una validazione fatta da qualcuno fuori dal progetto.
Il tuo lavoro resta sulla tua macchina
I dati inseriti sono elaborati nel browser e non vengono inviati da nessuna parte. Il lavoro che scegli di salvare — un layout, una voce di inventario, un risultato acquisito — è scritto nell’archivio locale del tuo stesso browser, sotto chiavi che iniziano con biomebench-, e lì può essere eliminato. Il sito non imposta cookie e non carica script di analisi o di pubblicità.
È una conseguenza dell’architettura più che una promessa: senza account e senza database, non c’è luogo dove i dati sperimentali possano accumularsi.
Cosa BiomeBench non afferma
Non è un sistema di gestione delle informazioni di laboratorio, non custodisce uno strumento, non ordina un reagente e non diventa un sistema di registrazione di riferimento. Non offre indicazioni cliniche, diagnostiche o terapeutiche. Non è monetizzato tramite abbonamenti, e non si posiziona contro le grandi suite commerciali che una struttura magari già usa.
Non pubblica certificazioni, né accreditamenti, né approvazioni, e non asserisce che esista un soggetto giuridico dietro il sito. Dove il progetto non può rispondere di qualcosa dal proprio codice, le pagine qui lo dicono invece di indovinare.
Dove si colloca in una giornata al banco
Un calcolo risponde a una domanda. Un risultato può poi essere acquisito nell’esperimento su cui stai lavorando e riusato altrove come dato inserito, così una diluizione già risolta non deve essere riscritta in un layout di piastra. Il pianificatore la trasforma in pozzetti, verifica il layout per volume e coerenza spaziale, ed esporta un record portatile. L’inventario risponde, la mattina dopo, alla domanda se il reagente sia ancora disponibile.
Il lavoro su piastra oggi è a 96 pozzetti: righe A fino a H, colonne 1 fino a 12. Altre geometrie di piastra non sono supportate, invece di esserlo in modo approssimativo.